歯垢（プラーク）の中の虫歯菌が出す酸が歯を溶かすからです。

最初はエナメル質の脱灰（カルシウム成分が溶けること）から始まり
歯の表面が白く濁ってきます。
その後の脱灰が進むと、実質欠損（穴）ができてきます。

エナメル質は無機質が多く、欠損が生じにくいのですが、
このあと、中の牙質にまで虫歯が及ぶと、
象牙質の方が、たんぱく質が多いために虫歯が
一気に進行しやすくなります。